高效液相色譜儀系統由進樣器、色譜柱、儲液器、泵、檢測器、記錄儀等組成。
儲層中的流動相由高壓泵泵入系統。樣品溶液通過進樣器進入流動相，裝入色譜柱（固定相）。由于兩相樣品溶液中各組分的分布系數不同，在兩相中相對移動時要經歷多次吸附解析分布過程，各組分的移動速度差異較大，它被分離成單個組件，并依次流出列。樣品濃度通過檢測器時，轉換成電信號傳送給記錄儀，數據以地圖的形式打印出來。
高效液相色譜法在醫學領域有作用嗎？
1.藥品生產中的中間控制：在生產抗生素時，首先要了解發酵液中存在的主體和副產物。如頭孢菌素、紅霉素、青霉素、四環素、柔紅霉素和慶大霉素的發酵產物可采用C18柱、甲醇和緩沖液制備流動相或離子對法進行分析。
2.藥物成分含量的分離分析：由于藥物通常含有多種成分，所以維生素B6、維生素D1、維生素a、維生素E可以同時分離測定。例如，止痛藥或退熱藥也可以用這種方法分離，并可以測定各成分的含量。
3.測定各器官中藥物的代謝產物：特別是研究血清中藥物代謝產物的存在。
4.藥物體內殘留分析：這是近年來新藥研究的主要內容之一。如冬凌草素是植物的一種成分，具有抗癌作用，但毒性很大。
離子色譜法的優點
離子色譜法具有快速、靈敏、選擇性好、多組分同時測定的優點，其中許多組分是其他方法難以測定的，特別是陰離子。離子色譜法分析陰離子是分析化學的一個新突破。如果高頻電感耦合等離子體原子發射光譜－質譜聯用（ICP - MS）是一種快速、靈敏、準確同時測定多種元素的分析方法，離子色譜法應是第一種快速、靈敏、準確同時測定多種陰離子的分析方法。